Misi Jabatan Farmasi adalah untuk menyediakan perkhidmatan Jabatan Farmasi yang selamat dan berkualiti kepada masyarakat setempat dan sekitarnya dengan bantuan teknologi dan membudayakan inovasi. Mengutamakan nilai profesionalisme, berintegriti, kerja berpasukan serta penyayang bagi membina imej umum yang positif. Memastikan tadbir urus yang efisien bagi kelangsungan perkhidmatan serta pengurusan sumber manusia yang berkesan. Jabatan ini dianggotai oleh 60 orang petugas dan merupakan jabatan penting dalam memberikan perkhidmatan sokongan klinikal. Pada tahun 2024, Jabatan Farmasi telah berjaya membuka perkhidmatan Farmasi 24 jam serta perkhidmatan satelit bagi menampung keperluan pesakit yang semakin bertambah sejajar dengan naik taraf Hospital Baling.