Jabatan Kesihatan Negeri Kedah diterajui oleh Pengarah Kesihatan Negeri Kedah dan dibantu oleh 6 orang Timbalan Pengarah Kesihatan Negeri. Terdapat 6 Bahagian di JKN Kedah yang diketuai oleh Timbalan Pengarah Kesihatan Negeri. Bahagian tersebut adalah:

• Bahagian Perubatan

• Bahagian Pengurusan

• Bahagian Kesihatan Awam

• Bahagian Perkhidmatan Farmasi

• Bahagian Perkhidmatan Pergigian

• Bahagian Keselamatan & Kualiti Makanan